按藥物的性味功能編排
醫生處方遣藥善將性味功能相似的藥物合用，如治風寒感冒的麻黃、桂枝、荊芥、防風，治風熱感冒的薄荷、牛蒡子、菊花、桑葉，常常在同一張處方中出現。如將同類藥物編放在一起，便于醫藥人員拿取。性味功能相反的藥要分別編排，更不能放在一個抽屜里，如牛膝與地榆，行血與止血性能各異，分開存放可避免混拿。
按常用湯頭編排
臨床常用湯頭僅七、八十個，中醫處方常按湯頭加味，為了便于調配，可將其中的藥物集中存放，如黨參、白術、茯苓、甘草（四君子湯）和川芎、熟地、當歸、白芍（四物湯）等。
按藥材質地編排
質地堅硬、比重大的礦石類藥物，如石膏、龍骨、牡蠣，宜放在藥櫥下部；根、莖、果實類藥物，宜放于藥櫥中部；質地松軟的葉、花類藥材，宜放于藥櫥上部。這樣，既減輕了藥材對藥櫥的壓力，同時又便于醫藥人員尋找。
上述三類編排法可相互結合運用。此外，外形和顏色相似的藥物不宜存放在一個抽屜內，如桃仁與杏仁；特殊藥物應特殊編排，如青黛、冰片宜存放于瓷壇內；貴重藥品如三七、西洋參、阿膠，應妥善保管；劇毒藥品應專人專柜嚴格保管。 當然，在全國范圍內制訂斗譜編排規律，暫時可能行不通，但在某個地區根據用藥習慣，功能各異，按照一貫的規律編排中藥斗譜，還是切實可行的.
